La iglesia de Santa Margalida, casi al final de la calle Sant Miquel, es una de las construcciones góticas más antiguas de Palma y, hoy, la única parroquia castrense (militar) de la ciudad. Sus orígenes se remontan a 1238, cuando acogió a los frailes franciscanos, antes de que estos se trasladaran al actual convento de Sant Francesc.
Después pasó a manos de monjas agustinas, que mantuvieron aquí su monasterio durante siglos. El gran vuelco llegó en el siglo XIX: con la desamortización, las monjas fueron exclaustradas en 1837 y el convento se convirtió en hospital militar, un cambio drástico que, paradójicamente, salvó el edificio de la ruina.
La iglesia, respetada en aquella transformación, conserva su esencia de templo gótico de «repoblament»: planta de nave única, ábside rectangular, recios contrafuertes en la fachada y un coro del siglo XIII. Fue restaurada en los años sesenta y consagrada como parroquia del ejército.
Junto a ella se abría la Porta de Santa Margalida, una de las puertas de la antigua muralla por la que, según la tradición, entraron las tropas de Jaume I en la conquista de 1229. Hoy el antiguo hospital alberga el Centro de Historia y Cultura Militar de Baleares.